Cada caja de Legendary Duelists: Season 3 incluye 1 Secret Rare, una rareza que no estaba disponible en Immortal Destiny o Magical Hero , así como 6 Ultra Rares. Para este lanzamiento, debido a que tiene una dosis doble de Jaden, las Ultra Raras vendrán en los colores de los 3 dormitorios de Duel Academy: 2 Ultra Raras rojas para Slifer Red, 2 Ultra Raras azules para Obelisk Blue y 2 Ultra Raras estándar para Amarillo Ra.

Y como bonificación especial, cada caja de Legendary Duelists: Season 3 también contendrá uno de varios dados coleccionables con monstruos famosos o símbolos asociados con Yugi, Jaden y Yusei.

Cada caja de Legendary Duelists: Season 3 contiene un total de:
1 Secret Rare
6 Ultra Rares (2 Standard Ultra Rares, 2 Red Ultra Rares, 2 Blue Ultra Rares)
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